与单因素分析类似，多因素分析是某种程度上特征工程的进一步分析和探索，这也是探索性建模的重要步骤之一。
多因素分析能够锁定更多，而不是单一环境变量的响应重要性。
此外，多因素方差分析也同样具有解释度，例如manova可以用于比较两个群体间的内部环境变量集差异。或者通过cca之类的分析来解释属内或者物种内部的环境变量趋势性；